Bộ máy tổ chức của Trung tâm Bảo tồn di tích gồm:

1. Lãnh đạo Trung tâm: 

Lãnh đạo gồm 01 Giám đốc và không quá 03 Phó Giám đốc.

2. Các bộ phận chuyên môn, nghiệp vụ:

- Phòng Hành chính – Tổng hợp

- Phòng Nghiệp vụ Bảo tồn di tích

- Phòng Kế hoạch – Tài chính

- Ban Quản lý di tích Tháp Bà Ponagar

- Ban Quản lý danh thắng Hòn Chồng – Hòn Đỏ

- Đội Bảo vệ.