Được UNESCO công nhận là di sản thiên nhiên thế giới. Các nhà khoa học khẳng định rằng, Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng còn nhiều tiềm ẩn về đa dạng sinh học cho công tác nghiên cứu khoa học. Gần đây, các nhà khoa học đã phát hiện thêm 1 loài thực vật, 1 loài chim, 6 loài bò sát, 1 loài lưỡng thê, 12 loài và phân loài cá và 2 loài bướm. Từ cuối thế kỷ XX đến nay, không một khu bảo tồn nào gây được sự chú ý với các nhà sinh học như Phong Nha - Kẻ Bàng. Hiện nay, công tác xây dựng hồ sơ đề nghị UNESCO công nhận lần 2 cho Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng là di sản thế giới với giá trị đa dạng sinh học đang được hoàn thiện để gửi tới UNESCO.

Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng là một di tích và danh thắng hội tụ được nhiều giá trị nổi bật. Chính những giá trị này đã mang lại cho Phong Nha - Kẻ Bàng một sự hấp dẫn đặc biệt riêng. Vì vậy, Thủ tướng Chính phủ đã quyết định xếp hạng Vườn Quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng là di tích quốc gia đặc biệt (Quyết định số 1272/QĐ-TTg, ngày 12/8/2009).